Check out the corresponding project at http://www.coryneregnet.de.

To give you an impression on how it all started: Here is the scratch paper that we used for our diskussions during the first few days.

front side of our scratch paper

back side of our scratch paper

And that’s where the whole thing started here in lovely Cal (Grizzly Peak in Berkeley):

Grizzly Peak Berkeley

If this brilliant piece of science is not being accepted, that’s how the whole thing will end.

Me and the Stanford axe in my backyard.

Anyways… Please help us and

KEEP

YOUR

FINGERS

CROSSED!

I’m out… Will see most of you in lovely NYC!!

It shouldn’t rain in California. At least rain could be warm.

Thank god it’s neither freezing nor do we face a storm.

Can’t wait to see my sweet heart. Can wait to have her here.

We’ll start with Xmas in New York, oh Birte, you my dear.

Soon I’ll leave my Cal, my buddies, and pacific sea.

But together we will slide into 2009, on a boat in N Y C.

Once back in Cal, in the town that stole my heart,

in San Fran, in the bay, a funny next year will start!

However, I love the time here with you.

We need more people from the Mission, from Bielefeld, Hamburg, and Munich too.

(Knut, December 15th 2008)

Please cite the following whenever you can.

Baumbach J, Rahmann S, Tauch A (2008) Towards the integrated analysis, visualization, and reconstruction of microbial gene regulatory networks. Briefings in Bioinformatics (accepted for publication).

Thanks to my co-authors!

CoryneRegNet growing

GO BEARS

Die Axt

Und es begab sich im Jahre 1899… Während eines Wettkampfes im schönen San Francisco, schlichen sich gewitzte Cal-Studenten aus Berkeley ins Stanford-Lager und entwendeten eine wertvolle Axt aus den Reihen der rot-weiß getünchten Stanford’ler. Diese Axt sollte fortan als Trophähe in den Schränken der Studentverbindungen im schönen, sonnigen Berkeley ihre Zeit mit angestarrt & angebetet werden verbringen. So zumindest der Plan der tapferen blau-gelben. Mit vor Trauer verlaufener rot-weisser Schminke hörten einige Studenten aus Stanford auf um ihren Baum zu tanzen und machten sich auf die Jagd ihr Eigentum zurückzuholen. Sogar die örtlichen Sicherheitskräfte wurden eingeschaltet um sich an der Suche zu beteiligen. Alle Fähren nach Oakland und Berkeley sollten durchsucht werden auf der Suche nach dem einzigen Gegenstand, der einem echten Baum (immerhin das Stanford-Maskottchen) gefährlich werden kann: der Axt. Und beinahe wäre dieser geschickte Schachzug der Cal-Bears auch vereitelt worden… Aber ein junges Fräulein am Ferrybuilding, unerschütterlich in ihrer Loyalität zu den Bears, schmuggelte die Axt in ihrem weiten Rock über die Bucht bis nach Berkeley.

Von diesem Tag an entbrandten wilde Kämpfe um die Axt zwischen Berkeley und Stanford, zwischen den blau-gelben aus der East Bay und den rot-weissen aus dem Valley. Als es selbst den beteiligten Studentenverbindungen zu bunt wurde, hat man sich großzügig auf ein unentschieden geeinigt und die Axt als Siegespokal des jährlichen Big Games zwischen den Bären und den Bäumen auserkoren.

So oder so ähnlich wird es sich damals zugetragen haben und hier kann das Ganze nocheinmal etwas ausführlicher nachgelesen werden: The Axe Story.

Dieses Jahr ist das 111te Big Game in Berkeley, die Axt ist in Stanford, und wir waren live im Stadion dabei, als versucht wurde, dieses edle Stück zurück in die Bay zu holen…

Cal Bonfire Ralley 2008

Und da man zu so einem wichtigen event der College Football Geschichte nicht einfach hingeht, sondern auch aktiv teilnehmen will, tut die UC Berkeley ihr Bestes, so junge und frische Dynamiker wie wir es sind in die richtige Stimmung für das Spiel zu versetzen. Dafür nimmt man ein Stadion im griechischen Stil, erlaubt 50.000 Dynamikern dort Platz zu nehmen, schichtet Holz aus Stanford-Bäumen auf einen großen Stapel auf, und verbrennt es zeremoniell. Da es, wie bei all solchen College events, keinen Alkohol gibt, muss die richtige Stimmung sehr sorgfältig erzeugt werden, da auf Bier als Katalysator and dieser Stelle kein Verlass ist. Zum Ende hin bekommen dann alle Mann Kerzen in die Hand gedrückt und singen fröhliche Lieder zusammen. Das Ganze nennt man dann Bonfire:

Bears vs. Stanford

Am nächsten Tag fand dann das grosse Spiel statt. Dafür trifft man sich vorher in der Nähe des Stadions, wo auch die ganzen Frat’s sind (diese Studentenverbindungen mit den tollen Name: X Y Z, mit X,Y,Z of {Alpha, Beta, Gamma, Delta…} ). Dort wird man dann mit Hot Dogs, Burgers und Bier gefüttert und geht anschliessend ins Stadion. Dort kuschelt man mit 75.000 Leuten und sieht sich auf “Bears Territory” das Spiel an. Zunächst sah Cal (also “wir”) garnicht mal so gut aus, aber nach dem ersten Touchdown und einem zwischenzeitlichen Spielstand von 30:03 für Berkeley, sassen wir recht entspannt rum und haben immer 10 Sekunden Spiel und anschliessende 2 Minuten Pause auf uns einwirken lassen.

Fazit: Wenn die vielen Pausen nicht wären und die Fans im Stadion ein paar ordentliche Sprechchöre drauf gehabt hätten, wäre es sicherlich so lustig von ein Dortmund vs. Bochum Spiel in Deutschland. So muss ich sagen: Nette Unterhaltung, aber irgendwie nicht meine Sportart. However, ein Endstand von 37 zu 16 für Berkeley nenn ich mal eine Ansage…!

Was hingegen mal wirklich krass ist, sind die Halbzeitunterhaltungen. Da laufen unglaublich viele Musikanten auf dem Platz rum, spielen aktuelle Songs und laufen dabei ziemlich coole Formationen ab:

Am Ende möchte ich noch kurz erwähnen, dass “wir” eine Woche vor dem Football Big Game schoneinmal Stanford besiegt hatten; und zwar mit 1:0 im Soccer (guter europäischer Fussball). Das Spiel war zwar eher mittelmäßig (so Regionalliga-Niveau), aber immerhin haben “wir” gewonnen. Was mich wirklich überrascht hat, war das tatsächlich geschätze ein- bis zweitausend Cal-Fans im Stadion waren. Nicht schlecht für eine in Amerika eher vernachlässigte Sportart.

Ich verbleibe mit einem fröhlichen…

GO BEARS!

und dem obligatorischen…

Beat Stanford!

There is nothing better than “Niederegger Marzipan Schwarzbrot” out there.

THANKS GUYS!!!

Gretaz from the west coast to lovely Bielefeld!

“Weil wir den Bogen raus haben, wie G’raden.”

Die einen oder anderen sind ja schonmal in den Hochgenuss der guten, alten [PBS] Videos gekommen… Und weil ich mich hier ohne meine homies ein wenig unterfordert fühle, möchte ich eine kleine Zeitreise mit Euch unternehmen: Momente, in denen wir ganz stolz unsere ganze BF1942-Kunst auf bewegte Bilder gebannt haben:

Ich gebe zu, es ist nicht ganz so krass geworden, wie die nachfolgenden, ebenfalls uralten Schätzchen, aber immerhin waren wir gaaaanz vorne mit dabei.

Antworten von Orakel so vielfältig sind, wie Tropfen von Wasser in Meer.

Leute… Ich vermiss Euch hier!!

… und grüßt den Chris von mir. Aber auch machen…!

@Tschosch: Wenn Du mich besuchen kommst, bring auch Werner mit.

Ich verabschiede mich mit einem dreifachen:

Der Bär niesst im niest im Stehen.

Dash

T Master T safeguards the Golden Gate Bridge

Unnecessary to introduce the T Master T aka Tobi aka Orko.

Still wanna know

The whole Bay Area is looking forward to welcome the T Master T. I hereby announce that one of our first official acts will be the visiting of the Blondies bar and no grill and Amnesia.

Afterwards, we will work hard on solving the Directed Weighted Grahp Cluster Editing Problem (WGCEP). Besides we’ll try to publish our Transitive Clustering approach.

Das Ganze nennt man dann “election party” und ist jeh nachdem, wen man favourisiert hat, eine lustige oder nervige Angelegenheit. Im Wesentlichen kommt es ja auf die sog. swing states (Florida, Ohio, etc.) an, und das kann dann auch zusätzlich noch recht spannend werden, weil diese erst relativ spät sichere Hochrechnung haben, obwohl sie eher östlich liegen.

Wir haben zunächst im Tripple rock die Wahl verfolgt. War eine ganz lustige Angelegenheit. Jeder blaue (democrats) Bundestaat wird laut bejubelt, jeder rote (republicans) ausgebuuht.

Als dann klar war, dass “der Drops gelutscht” ist und Obama die Sache in der Tasche hat, ging hier im liberalen Berkeley natürlich die Post ab:

Ausserdem haben wir in Till‘s Geburtstag reingefeiert. Da hat so ein kleines, spontanes Strassenfest genau die richtige Atmosphäre geschaffen.

However, ich bin sehr froh bei diesem historischen event live dabei gewesen zu sein und verbleibe mit der Rede von Obama:

]]> http://whereisknut.wordpress.com/2008/11/06/historische-momente-barack-obama-ist-der-nachste-prasident-der-usa/feed/ 1 whereisknut http://whereisknut.wordpress.com/2008/11/06/english-halloween-in-santa-baraba/ http://whereisknut.wordpress.com/2008/11/06/english-halloween-in-santa-baraba/#comments Thu, 06 Nov 2008 21:59:52 +0000 whereisknut http://whereisknut.wordpress.com/?p=149 ]]>

Joe the plumber

Background

Ok guys… Some of us DO celebrate Halloween in Germany. People do it in the UK… But damn… They REALLY celebrate Halloween here.

And since Halloween is an important American holiday, and since we are always interested in clutural exchange (as stated in my US visa “for research and cultural exchange” ), we decided to road trip south to the probably biggest Halloween party in the world, to

SANTA BARBARA

The UCSB (University of California, Santa Barbara or University of Casual Sex and Beer) is located south of San Fran not far north of Los Angeles. Since it’s “slightly” warmer down there, most “students” live in a little village nearby the UC called Isla Visa (short I.V. or HIV ). Why is that? Easy… It’s hard to carry your surfboard with your bike all the way down from Santa Barbara to the beach. Solution: live right next to the beach (Del Playa, Google maps).

Well. Our little research team (consisting of 4 guys and me) made the way to IV to evaluate the effect of alcohol to american college kids. See what happened…

Material & Method

Tillman the horse whisperer

Middle of nowhere

Tillman somehow organized a place to stay. It was a huge house (kind of a ranch) in Santa Barbara. We were allowed to live in an old lady’s house for the promise to watch the dog, the cat, and the horse. The horse? Yep, the HORSE. Whatever she needs a horse for… However, as always, we performed freakin well: The dog ran away and some skunk joes stole the cat’s pet food. If we take up a job one can trust that we give our best.

Besides a pool and a huge garden, it was just a short trip to the beach. At least that’s what the old granny told us and what we believed in our teenage naivety. Probably what she meant was “by car”…? All I remeber is this “lost feeling” in the middle of nowhere in the steppe of southern California; just 4 complaining guys, black whidow spiders, and Tillman terribly insisting to continue heading to the “in walking distance” beach.

Long story short, we pre-partied on Thursday (at a place owned by a very responsible guy asking things like “No lying guys… Who broke my bike?”). Friday we went to Del Playa Drive in Isla Vista (Google maps) to röck tha house. We had a dark magician, a darker magician with red glewing eyes, an even darker gay sailor, a livin’ beer can, and me, Joe the plumber. Saturday, we after-partied and celebrated my birthday in one of the clubs in SB downtown.

Die 4 belastenden 5

The time was as expected: our German discipline allowed us to demonstrate responsible behavior. We respectfully studied the crowds, always expecting trouble (“you said somephing ’bout ma mom, he?”) and preparing ourselves to robbin-hood others, who are unable or too weak to help themselves:

After the parties, we always cleaned up our environment and tried to help to keep the apartment given to us as clean and tidy as possible.

Clean and tidy

For more picture about Halloween, Beachvolleyball in Santa Barbara, my birthday etc. the reader is referred to Fabians blog and to the video stream below this article.

Tim playin beer pong

College kids in Santa Barbara

Discussion & Conclusion

To sum it up, we conclude that the following equation approximates well over the given variables:

Halloween in SB = Kirmes in Soest – Karussells – Dudelmann – Ammelunxen – Bavaria tent + beach + 20°F + lightly dressed girls + costumes(X)

with costumes(X) = {for X=guy: crazy dress}, {for X=girl: simply underwear}

We further conclude that our observations perfectly fit with our initial expectations and that we reached the next level of cultural exchange.

References

Another perspective may be found in Fabians blog, where I found this video giving an impression of how crowded it was in I.V:

Rock’n'Roll!

Yosemite park, camp curry

Die Landschaft von Yosemite ist unglaublich. Ich dachte ich bin in einem Hollywood-Film. Ca. 5h mit dem Auto (auf deutschen Autobahnen währens nur 3h gewesen ) von San Fran entfernt liegt das Camp Curry mitten in Yosemite park (auch Curry Village genannt; Google maps). Dort sind wir mal hingefahren um zu evaluieren ob an dem Gerücht mit den freilebenden Bären wirklich was dran ist…

Nachdem wir dort waren, war es schon viel zu dunkel, um noch irgendwohin zu gehen. Also haben wir Wandern auf den nächsten Tag verlegt. Ihr könnt Euch sicher vorstellen, wie schwer es mir gefallen ist aufs Wandern zu verzichten. Abends haben wir noch ein bißchen was getrunken, morgens dann bei Sonnenaufgang losmarschiert: 12km zu Fuß… geschätzte 300 Höhenmeter, gefühlte 600 Höhenmeter bergauf Richtung Mount Half Dome…

Nachts hat dann irgendein Überbegabter im Lager seine bear box offen gelassen, was wiederum zwei von den netten Kleinen angelockt hat, die sich dann auch prompt dazu entschlossen haben mitten in unserem Camp um ein paar Scheiben Salami zu kämpfen. Anschliessen haben die beiden beschlossen, sich ausgerechnet bei unserem Zelt ein wenig die Pfoten zu vertreten, was die Mädels natürlich veranlasst hat laut zu frohlocken und meinen sensibeln Schlaf zu stören. Ich bin dann mal (bewaffnet mit Shorts, Socken und T-Shirt) auf Toilette gegangen: alles klar; kein Bär; nix; die Luft war rein. Dann wollten Mädels vor dem Wieder-Schlafen-Gehen auch nochmal kurz raus auf die Toilette (Luft war ja rein )… Ihr dürft raten, wer kaum dass Janina & Maike draussen waren, nochmal kurz vorbei geschaut hat… Genau. Ein fröhliches kleines Bärchen (gerade mal so 1m Schulterhöhe… auf allen Vieren!). Hier zwei Eindrücke, wie sowas aussieht:

Ich hab nur draussen das Geschrei gehört und mich erstmal gemütlich in meinen Schlafsack gekuschelt. Denn ICH war ja bereits auf Toilette gewesen und wieder im Warmen; während die anderen sich auf selbiger (eingeschlossen in eine Kabine) nach einiger Zeit über den Rückzug des Bären gefreut haben. Wenn mir Edmund Stoiber nochmal mit einem “Problembären” kommt, dann schicke ich ihn mal nach Yosemite park. Da gibts Hunderte.

Insgesamt: Ein toller trip! Nur ein bißchen weit. Und das Autofahren auf diesen kurvigen Bergstrassen ist auch nicht unbedingt ein Spass. Aber für dieses Stück Natur hat es sich allemal gelohnt. Und jeder, der mich alten Natur-Fanatiker (so möchte ich mich hier mal ganz bescheiden bezeichnen) kennt, weiß: Wenn ich das sage, IST da auch was dran.

Ich verabschiede mich für heute mit dem Berkeley-Football-Gruß:

GO BEARS !!